A Commander® possui sedes próprias e totalmente integradas, abrangendo as principais alfândegas do Rio Grande do Sul, além de representantes no Brasil e no exterior.

O centro administrativo está estruturado em área de aproximadamente 5.000 metros quadrados, no município de Novo Hamburgo, e conta atualmente com o suporte de duas unidades operacionais, localizadas em Rio Grande e Caxias do Sul.

A gestão dos processos é realizada no centro administrativo, o que tem proporcionado significativa otimização de recursos, tendo em vista a convergência de informações e documentos em uma única base operacional.